El junco de los paramos (Junco Volcani)

Preparativos

# Carga de paquetes
library(dplyr)
library(sf)
library(plotly)
library(DT)
library(leaflet)

# Carga de datos

junco_vulcani <-
  st_read("https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/junco_vulcani-cr-registros.csv", options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )

# Asignacion de CRS
st_crs(junco_vulcani) = 4326

# Datos geoespaciales de cantones
cantones <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_cantones_simp_wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
  )

# Cruce de datos de cantones
junco_vulcani <- 
  junco_vulcani %>%
  st_join(cantones["canton"])

Inrtroduccion

El junco de los paramos (Junco Vulcani) habita en zonas abiertas en elevaciones altas, usualmente por encima de los 300 m. Suele posarse en pequeños arbustos, generalmente en parejas o en grupos peque;os. Suu rango es muy limitado> solo en Costa Rica o en el oeste de Panama (eBird, Junco Vulcani)

Tabla de registros de presencia

# Tabla de registros de presencia
junco_vulcani %>%
  st_drop_geometry() %>%
  select(stateProvince, canton, locality, eventDate) %>%
  datatable(colnames = c(
    "Provincia",
    "Cantón",
    "Localidad",
    "Fecha"), 
    options = list(searchHighlight = TRUE)
  )

Graficos de estacionalidad

#Grafico de estacionalidad
junco_vulcani %>%
  st_drop_geometry() %>%
  group_by(mes = format(as.Date(eventDate, "%Y-%m-%d"), "%m")) %>%
  summarize(suma_registros = n()) %>%
  filter(!is.na(mes))  %>%
  plot_ly(x = ~ mes,
          y = ~ suma_registros,
          type = "scatter", mode = "markers", fill = "tozeroy", fillcolor = "purple") %>%
  layout(title = "Estacionalidad",
         xaxis = list(title = "Mes"),
         yaxis = list(title = "Cantidad de registros"))

Grafico de historial

#Grafico de historial
junco_vulcani %>%
  st_drop_geometry() %>%
  group_by(año = format(as.Date(eventDate, "%Y-%m-%d"), "%Y")) %>%
  summarize(suma_registros = n()) %>%
  filter(!is.na(año))  %>%
  filter(año >= 2011) %>%
  plot_ly(x = ~ año,
          y = ~ suma_registros,
          type = "bar", color = "green") %>%
  layout(title = "Estacionalidad",
         xaxis = list(title = "Año"),
         yaxis = list(title = "Cantidad de registros"))

Mapa de distribucion

# Mapa de registros de presencia
junco_vulcani %>%
  select(stateProvince,
         canton,
         locality,
         eventDate) %>%
  leaflet() %>%
  addProviderTiles(providers$OpenStreetMap.Mapnik, group = "OpenStreetMap") %>%
  addProviderTiles(providers$Stamen.TonerLite, group = "Stamen Toner Lite") %>%
  addProviderTiles(providers$Esri.WorldImagery, group = "Imágenes de ESRI") %>%
  addCircleMarkers(
    stroke = F,
    radius = 4,
    fillColor = 'gray',
    fillOpacity = 1,
    popup = paste(
      junco_vulcani$stateProvince,
      junco_vulcani$canton,
      junco_vulcani$locality,
      junco_vulcani$eventDate,
      sep = '<br/>'
    ),
    group = "Junco Vulcani"
  ) %>%
  addLayersControl(
    baseGroups = c("OpenStreetMap", "Stamen Toner Lite", "Imágenes de ESRI"),
    overlayGroups = c("Junco Vulcani")
  ) %>%
  addMiniMap(
    tiles = providers$Stamen.OpenStreetMap.Mapnik,
    position = "bottomleft",
    toggleDisplay = TRUE
  )